Korzystanie z systemów powiększających takich jak lupy, było pierwszym krokiem w kierunku uzyskania lepszych możliwości zabiegowych. Z tych powodów coraz większe znaczenie w stomatologii zabiegowej mają mikroskopy.   Leczenie pod mikroskopem to bardzo specjalistyczne leczenie kanałowe zębów wdrażane, w przypadku kiedy zawodzą powszechnie stosowane   w gabinetach metody.

Mikroskop przychodzi nam z pomocą jeśli mamy do czynienia z nietypowo uformowanymi   korzeniami, kiedy ząb trzeba powtórnie leczyć kanałowo, zaopatrzyć perforację korzenia, usunąć wcześniej złamane narzędzie do opracowywania kanałów etc. Sukces kliniczny w takich sytuacjach jest często uzależniony od precyzyjnego wykonania zabiegu pod powiększeniem. Takie właśnie powiększenie dostarcza mikroskop endodontyczny.

Największe korzyści płynące z wykorzystania mikroskopu to możliwość wykonania zabiegu w sposób oszczędzający kość, struktury korzenia i tkanek miękkich. W mikrochirurgii mikroskop pozwala na szczelne wsteczne wypełnienie resekowanego korzenia wraz z wszystkimi jego przewężeniami i zachyłkami.

Powiększenie uzyskane w ten sposób pozwala zajrzeć w głąb kanałów, opracować i wypełnić je pod kontrolą wzroku, co znacznie zwiększa szanse powodzenia takiego leczenia. Prowadząc leczenie kanałowe pod mikroskopem można uniknąć usunięcia zęba wykorzystując go później jako filar korony zęba, który będzie jeszcze służył przez wiele lat.